Biocodex est historiquement impliqué dans la recherche sur le microbiote intestinal.
Sa fondation, Biocodex Microbiota Foundation, est l’organisatrice d’une bourse de recherche nationale en France portant sur un projet fondamental ou clinique en relation avec « le microbiote intestinal et la santé humaine ».

Cette bourse est placée sous l’égide de la Société Nationale Française de Gastro-Entérologie (SNFGE) et du Groupe Francophone d’Hépato-Gastroentérologie et Nutrition Pédiatriques (GFHGNP).